Erken doğum riski olmasına rağmen rahim içerisinde girişimsel tedavi yapılması günümüzde uygulanabilir düzeye gelmiştir. Buna bağlı olarak ta rahim içi kök hücre tedavisi yapabilme olanağı doğmuştur. Rahim içi kök hücre tedavisi bağışıklık sitemi yetmezliklerinde, genetik hastalıklarda ve kan hastalıklarında oldukça yeni bir tedavi biçimi olarak karşımıza çıkmaktadır. İlk deneyimler şiddetli bağışıklık sistemi yetmezliğine yol açan doğumsal hastalıkların rahim içerisinde tedavi edilebileceğini göstermiştir. Benzer şekilde, sınırlı sayıda da olsa doğumsal metabolik bozukluklar ve hemoglobinopatiler rahim içi kök hücre nakli ile tedavi edilmiştir. Anne karnındaki bebeklerde henüz bağışıklık sitemi tam gelişmediği için bu dönem kök hücre nakilleri için son derece uygundur. Erken yapılan bu tedavilerle doğum sonrası yapılacak tedaviler de bağışıklık siteminin hazırlanmasıyla kolaylaştırılmaktadır. Yapılan bu erken girişim bebeğin doğuma kadar olan dönemde de hastalıktan zarar görmesini engellemektedir. Rahim içi kök hücre tedavilerinde başarıyı artırabilmek için yeni yöntemler geliştirilmektedir. Bu gelişmelere paralel olarak kök hücre tedavileri gen tedavisi ile birlikte kullanılmaktadır. Mezenkimal kökenli veya pluripotent kök hücre kullanımı da bu yeni tedavinin genetik hastalıklarla ilgili kullanım alanını genişletebilecektir.

     Kök hücreler yalnız tedavi için değil girişimsel olmayan tekniklerle doğum öncesi tanı için de kullanılabilmektedir. Gebeliğin ilk üç aydan sonraki erken döneminde anneden alınan ve laboratuar ortamında çoğaltılmış bebeğe ait kök hücrelerin hastalıkların tanısında kullanılabileceği bildirilmiştir.

     Rahim içi kök hücre tedavisinin etik boyutu ciddi şekilde önem taşımaktadır. Bu tedaviler bilinen ve deneyimli merkezlerde araştırma kapsamında ele alınmasının doğru olduğu düşünülmektedir.